Ein Bürgerentscheid findet nur dann statt, wenn das ihm vorausgehende Bürgerbegehren materiell, d.h. von Inhalt und Thema her, zulässig ist. Welche Themen Gegenstand eines Bürgerbegehrens und damit auch eines Bürgerentscheids werden können, ist in erster Linie von der jeweiligen Gemeindeordnung abhängig. Die dort getroffenen Regelungen weichen sehr stark voneinander ab.

Alle Gemeindeordnungen sind sich darin einig, dass Bürgerbegehren grundsätzlich nur über Angelegenheiten der Gemeinde stattfinden können, also über Gegenstände, die in den kommunalen Zuständigkeitsbereich fallen. Allgemeinpolitische Fragen, z.B. Resolutionen über verteidigungspolitische Entscheidungen oder Ähnliches, gehören nicht dazu. Diese Regelung ist unumstritten und korrespondiert mit der Tatsache, dass auch die Gemeinderäte nur Entscheidungskompetenzen bei Aufgaben haben, die zu den Angelegenheiten der örtlichen Gemeinschaft gehören. Aber auch Auftrags- und Weisungsangelegenheiten, wie z.B. die Bauaufsicht oder das Pass- und Meldewesen, sind vom Bürgerbegehren ausgeschlossen.

Grundsätzlich gilt, dass nur eine solche Angelegenheit bürgerbegehrensfähig ist, in der auch der Gemeinderat Entscheidungen treffen kann. Das heißt, wenn z.B. Angelegenheiten eines städtischen Unternehmens (Stadtwerke, Wohnungsbaugesellschaft etc.) betroffen sind, ist nicht immer ein Bürgerbegehren möglich oder der Bürgerentscheid hat nur empfehlenden Charakter. Mitunter findet sich auch die Regelung, dass über diejenigen Themen kein Bürgerbegehren stattfinden kann, die der Entscheidung des Gemeinderates vorbehalten sind, d.h. die nicht auf Ausschüsse übertragen werden können.

Wenn von einer »Angelegenheit« der Gemeinde die Rede ist, so ist damit nicht jede Angelegenheit gemeint, über die die Gemeindevertretung abstimmen kann. In Form eines »Negativkatalogs« schließen alle Gemeindeordnungen eine Vielzahl von Themen vom Bürgerbegehren aus.

Einige Länder zeichnen sich durch einen verhältnismäßig weitreichenden Negativkatalog aus. Dies betrifft insbesondere Entscheidungen bei Planfeststellungsverfahren und Angelegenheiten der Bauleitplanung, die in manchen Bundesländern nicht zulässig sind. In anderen sind nur Bürgerbegehren über die Haushaltssatzung (einschließlich der Festsetzung der Hebesätze für Grund- und Gewerbesteuer), über Abgaben, Tarife und Entgelte sowie hinsichtlich Entscheidungen über Rechtsbehelfe und Rechtsstreitigkeiten (z.B. der Frage, ob Klage erhoben wird) ausgeschlossen.

Generell lässt sich feststellen, dass die meisten Themen in den Stadtstaaten, Bayern, Sachsen und Thüringen bürgerbegehrensfähig sind. Am restriktivsten sind die Regelungen unter anderem in Rheinland-Pfalz, obwohl dort einer der letzten Positivkataloge gestrichen wurde. Dieser schrieb vor, über welche Themen Bürgerbegehren ausschließlich möglich waren; kommunale Hauptsatzungen konnten den Positivkatalog durch Themen ergänzen, die nicht im ebenfalls existierenden landesweiten Negativkatalog aufgeführt waren. Eine solche Regelung besteht heute noch in Sachsen-Anhalt.